1901 Le bâtiment de La Figuerie est surélevé d'un étage. Un terrain de 3,5 ha, planté en pépinière, est affecté à l'ENHÉcole nationale d'horticulture de l'autre côté de la pièce d'eau des Suisses. Apposition des plaques portant le nom des différents jardins.
1914 Affectation du parc Balbi à l'entretien de l'ENHÉcole nationale d'horticulture. Ouverture de la grille du Troisième des Onze y donnant accès.
1924 Joseph Pinelle succède à Nanot à la direction de l'ENHÉcole nationale d'horticulture et du Potager du Roi. Installation d'un arboretum dans le jardin Duhamel du Monceau, à la place de l'actuel pré-verger.
1926 Le Potager du Roi est classé au titre des Monuments historiques. Construction du bâtiment Saint-Louis. Création de l'association des anciens élèves de l'ENHÉcole nationale d'horticulture.
1927 L'ENHÉcole nationale d'horticulture délivre le diplôme d'ingénieur horticole.
1930-32 Construction du bâtiment des Suisses par l'architecte Armand Guéritte.
1934 Création d'une Chaire d’architecture des jardins et d’urbanisme qui existe jusqu'en 1951.
1935 Lenfant assure la direction de l'ENHÉcole nationale d'horticulture et du Potager du Roi pendant 3 mois avant la nomination de l'ingénieur horticole Fernand Fauh.
1944 M. Guy assure ad interim la direction de l'ENHÉcole nationale d'horticulture et du Potager.
1945 Création de la Section du paysage et de l'art des jardins délivrant le diplôme de paysagiste de l'École nationale d'horticulture. Jean Lenfant est nommé à la direction.
1952 Construction du bâtiment Le Nôtre par l'architecte Pierre Lablaude. Remplacement du jardin d'Hiver par une serre moderne et plus petite.
1954 Installation d'un Fruticetum dans la partie est du jardin Duhamel du Monceau.
1956 Construction du bâtiment Le Normand par Pierre Lablaude.
1959 Étienne Le Guelinel succède à Lenfant à la direction.
1961 L'ENHÉcole nationale d'horticulture devient École nationale supérieure d'horticulture (ENSHÉcole nationale supérieure d'horticulture).
1963 Création du Centre de documentation du Jardin français avec le soutien de la première Association des amis du Potager du Roi.
1974 Raymond Chaux succède à Le Guelinel à la direction.
1975 Création du service de la formation professionnelle permanente (formation continue).
1976 Création de l'École nationale supérieure de paysage à partir de l'ancienne Section du paysage et de l'art des jardins de l'ENHÉcole nationale d'horticulture. Le nouvel établissement est administrativement rattaché à l'ENSHÉcole nationale supérieure d'horticulture avec laquelle il partage le site du Potager. Fermeture de la pépinière de la Pièce d'eau des Suisses.
1980-1990 Construction des serres modernes dans la partie nord du jardin. Démantèlement de la serre réalisée au début des années 1950 à l'emplacement du jardin d'Hiver.
1990 Alain Riquois succède à Raymond Chaux à la direction.
1991 Ouverture du Potager au grand public lors des premières visites guidées.
1993 L'École nationale supérieure de paysage crée un site à Marseille. Création du Laboratoire de recherche en projet de paysage.
1993-94 Début de la restauration de la grille Fordrin, du bassin central et d'une partie des murs par l'Architecte en chef des Monuments historiques, Pierre-André Lablaude. Jean-Baptiste Cuisinier est nommé à la direction de l'établissement.
1995 Départ de l'ENSHÉcole nationale supérieure d'horticulture sur le site d'Angers. L'École nationale supérieure de paysage devient un établissement public administratif indépendant, qui assure désormais seule la gestion, la conservation et la valorisation du Potager.
1996-97 Rénovation partielle du bâtiment Le Normand.
1998 Lancement des Carnets du paysage.
2001 Robert Mondy est nommé directeur.
2002-2010 Restauration et replantation progressive de 10 lignes de palissage sur les 64 que compte le Grand Carré et début de la restauration des enduits des murs.
2003-04 Rénovation partielle du bâtiment Le Nôtre.
2006 Bernard Welcomme est nommé directeur. Début des travaux de restauration sur le bâtiment Saint-Louis avec la création d'une entrée unique permettant l'accès à l'établissement et au Potager du Roi.
2011 Vincent Piveteau est nommé directeur.
2014 Création de la Villa Le Nôtre, première résidence internationale dédiée au paysage en France.
2015 Étude de diagnostic du pavillon La Quintinie, du pavillon Hardy et de La Figuerie réalisée par l'Architecte en chef des Monuments historiques, Jacques Moulin. Création de la Chaire Paysage et énergie, première chaire de l'École. Mise en place du programme vallée de la Seine en lien avec l'Agence d'urbanisme Le Havre - Estuaire de la Seine.
2016 Restauration des huisseries de La Figuerie.
2017 Programme d'interventions sur les structures maçonnées et les réseaux du Potager du Roi par Jacques Moulin.
2018-20 Rénovation du bâtiment des Suisses (2018-19) et d'une partie des espaces intérieurs de La Figuerie (2018-20).
2021 Restauration des murs entre les jardins Du Breuil et Legendre, entre le Cinquième des Onze et le jardin Duhamel du Monceau et sur la terrasse Sud. Les travaux de restauration et de replantation des lignes de palissage du Grand Carré sont relancés. Lancement des travaux de restauration de la toiture des bâtiments historiques. Alexandra Bonnet est la première femme nommée à la direction de l'École nationale supérieure de paysage.